電影: Kappei Yamaguchi

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以東京為中心發生六件大範圍的連續殺人事件，引起警政高層的重視，柯南意外地發現「黑色組織」涉及整個事件! 如果他們知道工藤新一還活着的話，那麼新一與柯南的夥伴們會不會一併遭到追殺?! 知道事態危險的柯南又如何獨自展開搜查.....

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毛利偵探事務所突然接到一通威脅電話，路上的汽車就在小五郎的眼前爆炸了。「藍色的少年與藍色的斑馬，從天而降的雨……」——根據犯人寄來的挑戰書，若不能解讀謎之暗號，便無法阻止接下來的爆炸。小五郎和毛利蘭在米花市內來回奔走，卻完全找不到破解暗號的方法。而正當柯南與灰原哀和少年偵探團一起、沉浸在觀看最愛的足球比賽的快樂之中的時候，得知了威脅電話的事情，為了解讀暗號柯南獨自一人離開了球場，卻得知了無人能夠阻止的恐怖事實。...

柯南和少年偵探團在參觀一座西多摩市新建的「雙塔摩天大樓」時，意外的發現了黑暗組織成員琴酒（Gin）。之後就發生了命案。 命案還沒結束，共通點是每名死者身邊都會留下一個小酒杯。就在柯南和少年偵探團找尋兇手時，琴酒也得知他正在找的叛徒雪莉將在不久之後參加西多摩雙子大樓的落成典禮，並準備在典禮上把她暗殺。 在會場上，短暫的黑暗又有一人死亡。現場也留下了同樣的小酒杯，暗示兇手和之前的是同一人。就在警方和毛利小五郎追查案件的時候，琴酒引爆了藏在大樓內的炸彈，銷毀了情報，同時將頂樓的柯南一行人陷入了危險...

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朝倉都知事收到一封神秘的恐嚇信，內容為：「對於你那4年執政中桀驁不馴的態度，上天將給予懲罰！」。隔天，由都知事主導開通的新地下鐵隧道遭到炸毀。雖然多虧柯南知道恐嚇信而使得這次爆破事件沒有人員傷亡，但是奪取都知事性命失敗的犯人勢必將再次犯案，並帶來更大的災害，調查朝倉都知事歷年事政的柯南，察覺到極有可能是在國土交通大臣時代所推動的水庫建設案中，懷有恨意的犯人就在那相關關係人等之中，因此決定進行深度搜查。 因為水庫的建造，沉入湖底的新潟縣北之澤村村民遷移到鄰近土地已有5年了，在這5周年紀念的日子裏...

以635米的高度為傲、可以俯瞰東京街景的鈴木塔（註：以現實中634米的東京晴空塔為原型）竣工。前往參加其開幕儀式的柯南等人，從眺望台上享受着絕美的景色。就在此時，一發子彈擊碎了窗戶玻璃，打穿了一個男人的胸膛。案件發生於一瞬之間，完全搞不清到底發生了什麼，小蘭與少年偵探團都陷入了恐慌。 柯南立刻利用追蹤眼鏡的望遠鏡功能，沿着彈道發現了一個黑色的身影。「從那麼遠的距離進行狙擊，怎麼可能？！」柯南馬上與女高中生偵探世良真純乘坐摩托車追趕逃走的狙擊手，意想不到的是狙擊手居然連警察的巡邏車都打算一起炸掉...

世界最大的體育盛會「WSG -World Sports Games-」將在東京舉辦。日本為配合開幕式慶祝，結合日本所有先進技術丶最高時速達1000km的「真空超電導新幹線」將在新名古屋站和東京新建成的芝濱站之間開通。 在世人目光的注視下，知名大會贊助商彙集的會場遇到突發事件，企業老闆相繼被綁架。在背後監視這起事件的赤井秀一，以及等待赤井指令的FBI成員們的身影。根據柯南的推理，與15年前的在美國波士頓發生的禁忌的WSG連續綁架事件存在關聯，並確定當時的事件也是FBI負責的。...

鈴木園子的叔叔次郎吉不甘心失敗，決定再次向怪盜基德發出挑戰。這位壞脾氣的大叔斥巨資製造了巨型的飛船貝爾·雪利二世號，並以鑲嵌有名貴寶石「天空的貴婦人」的戒指作賭注，邀請基德前來挑戰，看他能否在東京到大阪的這6小時時間內完成這項困難的任務。柯南、小蘭等人理所當然也接到邀請，甚至電視台的人也興師動眾前來。隨着時間的流逝，雙方的對決悄悄展開。另一方面，恐怖組織紅暹羅貓也登上了飛船。此前不久，紅色暹羅貓襲擊了國立東京微生物研究所，並盜走一種致命的病毒。...

與毛利小五郎有關係的人一個個都遭到不明兇手的襲擊。兇手襲擊後都會留下一張花色為黑桃的撲克牌，因而警方將兇手指向是曾任賭場荷官且被毛利逮捕的村上丈，但這只是兇手的圈套。兇手透過某些管道得知村上丈善於玩撲克牌，加上村上丈曾經被當時任職刑警的毛利小五郎逮捕，進入米花監獄服刑。兇手先殺害村上丈，並因兇手想要殺害的人名字中都有數字的緣故，遂使用撲克牌行兇嫁禍給村上丈。 後來柯南發現，村上丈是左撇子，而兇手卻是右撇子，而故在東京灣的行兇完全不是村上丈所為。透過當時被踢翻的飲料飛濺在兇手褲子上的痕跡、小山內...

在某個漆黑的夜晚，日本警察內部遭到間諜入侵。間諜企圖竊取英國的MI6、德國的BND與美國的CIA甚至FBI的機密資料，在千鈞一髮之際被安室透率領的公安警察發現。間諜只好搶車逃走，在高速公路上與安室展開競速追逐，在險些波及其他車輛而釀成重大事故的瞬間，間諜的車被FBI的赤井秀一的來福槍子彈擊中，並從公路上墜落。隔天，柯南等人到改建後盛況空前的東都水族館遊覽。 在作為特色景點的大型摩天輪下，柯南發現一位外貌端莊、孤身一人的受傷女性，又看出她左右瞳孔顏色相異，也就是俗稱的「odd-eyes」。但是，...

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滿月之夜的鑽石偷盜事件，怪盜基德擺脫了警察的包圍網，華麗地逃走了。江戶川柯南在獨自追捕基德時，遭遇了石川五右衛門的襲擊。柯南方才明白是雷朋三世假扮基德犯案，而這次的對手將是雷朋三世。 雷朋三世之後將目標轉向「幻之秘寶」櫻桃藍寶石。收到雷朋三世預告函的目暮十三等人，迎來了雷朋三世潛入搜查官錢形幸一，他們開始合力抓捕雷朋三世。雷朋三世則在寶石順利得手後，聽從峰不二子的要求，將寶石交給了神秘男子亞倫·史密西。他的目的到底是什麼？ 與此同時，來到日本的還有超人氣海外偶像艾米力歐·巴瑞帝。但艾米力歐收...

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柯南用新一的身份在電話不自願地約會了小蘭，陪她看5月3日的午夜場電影，以便請求小蘭替他參加森谷帝二教授舉辦的茶會。柯南為此十分煩惱，不知如何掩飾他變小的事實。目送小蘭離開後，柯南接到一個電話，是來歷不明的炸彈客挑戰柯南！ 少年偵探團收到的引爆遙控飛機、被安裝了炸彈並裝着小貓的寵物籃，還有東都環狀線的五顆炸彈陷阱，大家奮力推理，才及時預防了可能發生的意外。可是，最後被安裝了炸彈的地點其實是工藤新一和小蘭的約會地點－米花市政大樓！柯南該怎麼辦呢？...

某一天，毛利偵探事務所接到了知名舞台劇女演員牧樹里的委託。委託內容是關於怪盜基德的預告信，信中指出怪盜基德將在舞台上奪取牧樹里佩帶的藍寶石戒指——「命運的寶石」。在劇場裏錯綜複雜的人群中，怪盜基德到底會假扮成誰出現在大家面前？ 不過，「命運的寶石」終究是保護住了，牧樹里為了表示感謝，邀請毛利偵探前往北海道函館的別墅度假。就在大家都搭上飛機前往函館的機艙裏，一幕精心設計的殺人劇碼就在大家面前實際上演了。江戶川柯南除了要防止怪盜基德再度混入人群中，又要解開發生在飛機上的密室殺人事件，到底江戶川柯南...

傳奇海賊獅鬼再度現身東方藍海域，打算摧毀世界政府。他擄走奈美，草帽海賊團則勇闖一座奇異之地。...

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